世界の存亡を懸けた《天使》との戦いに、自らの《死亡フラグ》で勝利し、旗立颯太は《現実世界》に帰還した。クエスト寮で過ごした日々の記憶を携え、舞い戻った世界でも旗ヶ谷学園に入学した颯太。茜や菊乃に恵達ともう一度同じクラスになり、学園生活を再開した頃、突然『ブレードフィールド公国』から招請が届く！　彼の地で再会した菜波、行方不明の幼馴染みに生き写しの少女・眞奈花との出会いが、颯太にもたらす運命とは？　そしてフラグ可視操作能力を喪った颯太は新たな試練をどう戦い抜くのか。激動の第２部ここに開幕！