姉妹のイタズラで強制的に幼女アバターにされてしまった少年、絆。「第一波」襲来イベントも終わり、元ののんびりプレイに戻って航海を続けていると、嵐に巻き込まれて「帰らずの海域」という脱出不可能なマップに閉じ込められ、乗っていた船が巨大な幽霊船に引き寄せられてしまう。絆たちは幽霊船内を探索するのだが、とあるトラブルによって、絆は単身、海へと投げ出されてしまった。冷たい海水に飲みこまれ、次に気が付いたときには、絆は無人島に漂着してしいた。一人となってしまった絆は、ペックルという謎生物たちと共に、無人島サバイバル生活が始まるのだった。