飛竜リムドブムルを討伐するため、アメリカの傭兵団から攻略法を得ようと渡米を決めたトウカとハルカ。パスポート取得のため、まず行方不明の父親を捜しに日本縦断の旅に出るのだった。北海道、岩手、大阪と旅をしながら、各地のダンジョンを巡る二人。そこで父親・志木の友人と出会い、彼の過去を初めて知るのだった。無事、志木と再会を果たした二人だが、久しぶりに会った父親は思いもよらぬ秘密を抱えていて……。そして突如世界中のダンジョンに起こったモンスターの氾濫《スタンピード》。地球全体が大混乱に陥る中、日本最強の二人は”影の英雄”になることを決意し、地上に溢れ出るモンスターを討伐しようと東京ダンジョンへと向かった。しかしそこで想像もしなかった真実を目の当たりにするのだった……。人類とモンスターの戦争が、今、始まる――。