人類の生存をかけて…乙女たちは戦う！！　謎の「敵」による攻撃によって、男子の出生率が極度に低下してから約６０年－－滅亡の危機に瀕した人類は、モエナをはじめとする選ばれた子供たちと、様々な生物のDNAを宇宙船「方舟」に載せ、地球外へ旅立たせる。方舟は人類史上初の「大距離空間転位（ワープ）」によって、一気に太陽系最外辺にある準惑星「エリス」に到着するが、そこには「敵」の前線基地があった！ 優勢な「敵」と対峙することになったモエナたちは…!?　そして「敵」の正体が今、明かされる…!!