ついに黒幕が正体をあらわに！「モバゲー」、「Ｅ★エブリスタ」の大人気小説コミック版６巻が登場！作画は「週刊ヤングジャンプ」などで、活躍していた塩塚誠。北＝新撰組、南＝黒の盗賊。日本列島を南北に分けた2回戦はさらに激烈化!!和也との再会を果たした真文だったが、和也は、力を使い果たし深い眠りの底にいた。目の前に立ちはだかる巨躯の男＝黒の盗賊幹部、ミラ・リンダのただならぬ威容に身を震わせる真文。腹心・羽柴秀吉をミラに惨殺された信長も、その場に駆けつけ緊迫の時が流れるが、1週間後の再会を告げ、ミラはその場を立ち去る。一方、「ノアの箱舟」の行方を聞き出すために大阪城で囚われの身となった沖田総司に黒の盗賊幹部、セス・リンダから延々と苛烈な拷問が加えられる。沖田が限界に近づいたところで、ついに姿を現した黒の盗賊リーダー。邪悪なオーラを放つ黒幕の正体は、沖田がかつて知る男だった…！最終決戦の場は、大阪城に決定。新撰組VS.黒の盗賊。それぞれの総力を賭けた死闘の号砲が鳴る!!