明治45～大正11年に、南条文雄博士を会長とする当代の碩学を総動員した仏書刊行会によって編纂された日本仏教の貴重な文献の集大成であり、日本仏教の歴史と教理研究に必備の全書である。（同全集第四）三部曼荼・胎金血脈図・教示両部秘要義・阿母捺羅記・惹拏母捺羅記・大師在唐時記・山王院在唐記・理趣釈難義・真言疑目・千手経述秘記・雑抄・雑記・胎蔵界略記・護摩次第・護摩私記・護摩要集・妙法記・大日経疏爛脱・訶字門・般若心経釈・祖記雑篇・十三仏本地垂迹簡別釈・実相観・一代肝心鈔・生死本源集・円多羅義集・阿字秘釈・理智一門集・入真言門講法華法門・顕密一如本仏義・頓成菩提要。世親の『法華経論』に対する注釈『法華論記』、寺門派の重要典籍『授決集』等、智証大師の著作を収録。