数百万年にわたる大戦の果てに荒廃し果てたサイバートロン星は、マトリクスの奇跡によって再生を果たした。トランスフォーマー同士の長き大戦はここに終わりを告げたが、オートボット、ディセプティコン、中立派≪ネイルズ≫の三派の思惑が入り乱れ、サイバートロンの舵取りを任されたバンブルビーにとっては、苦悩の日々が続いていた。そんな中、エアリアルボットらが消息を絶つ事件が発生。ダイノボット部隊、スカイリンクスを率いたアイアンハイドが捜索に向かうが、事態はさらに混迷の度合いを深めていく。オライオン・パックスも登場するシリーズ第２弾！